病原体はクラミジアトラコマティスで、潜伏期間は1～3週間です。性器クラミジア感染症は、男性では尿道炎と精巣上体炎を、女性では子宮頸管炎と骨盤内炎症性疾患を起こします。 クラミジアは主に泌尿生殖器に感染し、その患者数は世界的にも全ての性感染症のうちで最も多いとされています。出現する症状としては、男性では排尿時痛や尿道掻痒感、女性では帯下の増量や下腹部痛、性行痛などがありますが、女性の70-80％、男性の50％は無症状で、無症候の保菌者が多数存在します。無症状で経過しているうちに、子宮頸管炎から卵管炎に波及して卵管狭窄を起こし、不妊の原因になることがあります。妊娠中は子宮頸管内のクラミジア検査を行います。治療せずに経腟分娩をすると赤ちゃんに30-50％の確率で産道感染し、結膜炎や肺炎を起こします。一般的に診断は性器や尿道からの分泌物や尿、口腔内からの抗原検出や核酸検査（PCR）で行います。

治療には抗菌薬（マクロライド系、ニューキノロン系が中心）を使います。